대화불능의 이생물 가우나에 의해 파괴된 태양계.
간신히 살아남은 극소수의 인류는 소행성을 선체로한 거대 우주선 시도니아에서 번식하며 우주를 떠도는 길을 선택한다.
그후로 약 1,000년.
 시도니아 출항기 1009년.
지하층부에서만 살아왔던 소년 타니카제 나가테는 할아버지의 죽음을 계기로 상층부로 올라오게 된다.
그리고 인간형의 대장갑 모리토의 조종사 훈련학교에 입학하게 되는데.
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그리고 다시 인류 앞에 나타난 그들.
100년 만에 다시 가우나와 조우하게 된 인류는, 그리고 나가테는 어떠한 선택을 할 것인가?인류의 존망을 건 싸움이 지금 시작된다.